大多人认为，纤维肌痛的诊断在临床上并没有特别的帮助。但依据作者的经验，很多患者在医生清楚详细的解释纤维肌痛症后可获得一定精神方面的缓解，诊断纤维肌痛的患者确保他们除外了肿瘤或其他疾病的诊断，对他们的精神方面是个缓解。研究报道显示，诊断纤维肌痛的患者在诊断疾病后就诊的次数和医疗花费显著减少。
目前并没有特别的血液或影像学方法诊断纤维肌痛，C反应蛋白浓度和ESR在这类患者中通常并不升高。纤维肌痛的诊断仅基于患者的临床症状。ACR年的诊断标准建议对18个指定身体区域进行触痛检测，以确定患者是否可以诊断纤维肌痛，该诊断方法方便，有效性较好，但是，临床中确实有接近25%的患者有纤维肌痛但却并没有11处特定肌肉压痛点。
尽管ACR组织在年对纤维肌痛诊断方法进行了改进，但目前其在临床上使用并不多，按照ACR纤维肌痛版诊断标准，对存在慢性广泛性疼痛的患者，询问患者是否存在睡眠障碍，触痛，记忆力或思考能力障碍等可对诊断提供极大的帮助。
纤维肌痛并不是一个排他性诊断，可以和其他疾病合并存在。一项使用ACR年诊断标准的调查发现，约17%的骨关节炎患者，21%的类风湿性关节炎患者，37%的系统性红斑狼疮患者均合并有纤维肌痛。因此在确立患者纤维肌痛诊断前需对所有症状进行仔细的鉴别，并应用临床检查措施，如全血细胞计数，基础生物化学产物，炎症因子等。
甲状腺功能检测和维生素D水平在某些疾病诊断中有所帮助，对这类患者使用自身免疫指标进行鉴别诊断时需特别谨慎，需在除外患者有自身免疫性疾病的基础上综合考虑自身免疫指标对诊断的意义。自身免疫抗体检测阳性的但却并没有自身免疫性疾病表现的纤维肌痛患者在诊断时容易出现误导。
炎症性关节炎患者也可出现类似纤维肌痛的止点压痛，因此对这类患者在诊断时需要专科医生会诊。需要特别强调的一点是，纤维肌痛可以发生在既往已经存在其他疾病诊断如类风湿性关节炎的患者人群中，这类患者在治疗过程中出现疗效减弱时需要考虑上述情况。
综上所述，当患者存在慢性广泛性疼痛而不能用其他疾病进行解释时需考虑诊断纤维肌痛，特别是患者所诉疼痛程度和体格检查的体征不成比例，或者合并有睡眠功能障碍，易疲劳，肌肉触痛点等。诊断纤维肌痛时请专科会诊并无必要，但若对患者的诊断存在疑问，则需考虑请专科会诊。
