对所有的疼痛治疗都要考虑对标和本进行治疗，才能有效的治愈疼痛；肌筋膜疼痛触发点的治疗也不例外。特别对于较重的慢性肌筋膜疼痛触发点的治疗，更应该如此。其策略是在准确诊断的基础上，既做镇痛，还要针对引起疼痛的原因进行精准治疗，因此最好以综合治疗方式对肌筋膜疼痛触发点的治疗。
肌筋膜疼痛触发点是运动系统和神经肌的疼痛，这种疼痛不仅仅是简单的疼痛反应，而且是肌肉骨骼系统的生物力学和中枢神经系统运动控制失调的表现和信号，即以疼痛作为症状来表明机体内部有失调或失控以及代偿失败的情况存在。这种情况一旦转化为长期的慢性疼痛，会引起肌纤维的微观变化，并有局部病理解剖和病理生理学的改变。因此，运动系统疼痛不同于其它系统的疼痛，其特殊性在于神经生物力学失调因素的存在。
对于神经运动控制失调的原因，大家可以设想电线杆上的几根固定或稳定的拉线，如果其中一根失去张力或拉力，那么其它拉线就会不得不接受更大的拉力和应力。如果它们还有感觉，在电线杆到下以前，它们绝对会叫痛。
运动系统的情况与电线杆的情况一样，骨骼是被韧带连接的电杆，也需要拉线来稳定；但是不同的是这个骨骼电杆还有需要活动的关节来连接，而电线杆的拉线只起稳定电杆直立的作用，不需要活动关节。为了活动关节，骨骼电杆通过骨骼肌作为拉线，在神经系统的控制下，骨骼肌代替拉线需要提供两种功能，一是稳定关节的位置，二是要活动关节。也就是说，一部分骨骼肌在运动时，要以稳定功能为主，另一部分骨骼肌要以运动功能为主，而且彼此间还需要在神经运动控制下才能协调。
因此，无论任何一种运动都需要机体在良好的位置稳定下才能有最有效的运动。这个假设如果引入到慢性骨骼肌疼痛或运动系统疼痛之中，从一种运动控制机能失调的角度考虑问题，大家不难理解为什么运动系统的疼痛是疼痛中最常见的一种疾患。换句话说，一旦一束或一块肌肉因损伤造成无力、张力过大或痉挛，就会引起其它肌肉应力增加、减低或本体感受改变，形成肌筋膜疼痛触发点，从而引起各个关节的疼痛。长期如此，将会改变中枢运动控制的机能，加重神经肌系统的控制失调，本体感受功能受抑制，以致活动肌和稳定肌的功能错位，造成受损肌的慢性肌筋膜疼痛触发点，而引起慢性运动系统疼痛。所以，运动系统的疼痛不但涉及到是运动系统，还密切与神经运动控制系统有关。这个假设为综合治疗肌筋膜触发点提供了科学的解读，也需要临床医生对疼痛关节的本体感受进行有效训练。
被动治疗，如针刺、小针刀、神经阻滞、封闭、理疗、推拿，包括药物治疗，都是以直接或间接的方式阻断神经系统疼痛通路或改变疼痛模式达到镇痛目的。尽管一些疗法可以灭活肌疼痛触发点，但是疼痛的原因并没有完全根除，因为神经肌运动系统的病理性运动控制模式还需要被纠正，如本体感觉的恢复还需要用主动训练或锻炼治疗的方式来巩固和扩大镇痛效果。另外，还要补充那些因体内不足而诱发肌筋膜触发点的营养因素，减少肌疼痛触发点的复发。而主动性治疗包括了恰当的运动和锻炼疗法、辅助药物疗法、中医的药物调理方法、牵张技术、整脊疗法、关节松动技术等，特别是对稳定肌的训练和锻炼，如SET技术、中国传统的健身武术、瑜伽、小重量哑铃操等，如果运用得当，都会对疼痛治疗和降低复发有较好的效果。
在疼痛治疗中，可以说没有哪一种技术具有％的独特疗效，只有合适的和恰当的应用综合治疗方法才能有效的治疗骨骼肌的肌筋膜疼痛和运动系统疼痛。（——上海黄强民教授）
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